El Secretario Ejecutivo es nombrado por el Pleno de la Comisión y tiene a su cargo la coordinación operativa y administrativa de la Comisión Federal de Competencia. El Secretario Ejecutivo conduce los procedimientos de la CFC y coordina la elaboración de dictámenes sobre los casos que debe resolver el Pleno.

Con las reformas a la Ley Federal de Competencia Económica, publicadas en el Diario Oficial de la Federación el diez de mayo de 2011, se precisa la separación de funciones e independencia del Secretario Ejecutivo con respecto al Pleno de la Comisión y su Presidente.

De esta manera, además de la coordinación operativa y administrativa de la CFC, el Secretario Ejecutivo tiene la facultad para: nombrar y remover al personal de las unidades administrativas de la CFC que están a su cargo; dar trámite a las investigaciones; iniciar los procedimientos administrativos; y desechar las denuncias que sean notoriamente improcedentes.